Acordando para se encontrar em uma versão paralela da cidade de Fuyuki, Illyasviel "Illya" von Einzbern está perdida e sozinha. Ela descobre sua casa em ruínas, com uma enorme cratera no centro de sua cidade natal. Com a neve caindo no meio do verão, a confusão consome a jovem estudante do ensino fundamental, que não sabe onde seus amigos ou sua varinha Ruby podem estar.
Chegando aos restos de sua casa, ela de repente é abordada por uma garota com amnésia. Vestindo um uniforme de ginástica quando a temperatura gelada se aproxima, a misteriosa garota não tem ideia de onde está ou por que apareceu. No entanto, esse estranho, conhecido como Tanaka, aparentemente tem informações sobre a localização de Rin Toosaka, Miyu Edelfelt e o resto dos amigos desaparecidos de Illya.
Fugindo de agentes da família Ainsworth - aqueles que controlam este reino paralelo - onde esses dois vão acabar e como Illya restaurará o presente de volta ao mundo que ela conheceu?
